Giratina y el Defensor de los Cielos es la undécima película de Pokémon y hace referencia a Shaymin en su forma celestial. Fué estrenada el 19 de Julio de 2008 en los cines de Japón y posteriormente el 1 de Mayo de 2009 se emitió en España. Los Pokémon legendarios que aparecen en esta película son Dialga, Regigigas y Giratina.

Argumento

La película da comienzo cuando Giratina que se encuentra en el mundo inverso el cual esta muy contaminado debido al reciente conflicto entre Dialga y Palkia y al ver que Dialga se detuvo a descansar en un lago cercano en donde por casualidad también se encontraba Shaymin y de repente se abrió una puerta hacia el mundo inverso del cual salió Giratina quien arrastró a Dialga y a Shaymin (sin saberlo) al mundo inverso en donde Giratina comienza a atacar a Dialga mientras son observados por un investigador Pokémon y Shieldon quienes vivían en el mundo inverso.

Finalmente, Shaymin absorbe la polución y hace un ataque fogonazo con el que logra escapar del mundo inverso. Dialga también logra salir. Giratina no pudo escapar. Shaymin cae a un río donde es arrastrado por la fuerte corriente del río.

Ash, junto a sus amigos Maya y Brock se encuentran en una ciudad en la que hicieron una parada para descansar y comer algo pero de pronto Ash se da cuenta de un extraño ser y luego se dan cuenta que es Shaymin, que estaba ensuciado. Tras llevarlo a un Centro Pokémon cercano aparece el Team Rocket quienes tratan de robar dicho Pokémon. Giratina se percata de este suceso y lleva a todos menos Brock al mundo inverso donde encuentran al doctor que estaba investigando en dicho lugar y que se llama Mugen Graceland. Él les explicó que sus conocimientos sobre Giratina y el mundo inverso. 

Poco después encuentran una nube negra, y Mugen les dice que no respiren y les explica que esas nubes se forman cuando ocurre un desequilibrio entre el espacio y tiempo. Entonce se abre un portal y todos salen menos el team rocket y se vuelven aprendices de el entrenador Pokémon que esta atrapado en el mundo inverso. Ash, Brock, Dawn y Shaymin son perseguidos por otro entrenador Pokémon cuyo objetivo era apoderarse por completo del mundo inverso aunque consiguen huir y toman un tren.

Mientras están hablando en el tren un hombre se acerca y le da unas flores a Shaymin pero cuando se las da se convierte en su forma celestial. Entonces entran en el tren unos Magnemite, Magneton y un Magnezone pero Pikachu, Shaymin y Piplup los derrotan. Cuando regresan al mundo inverso se percatan que el cazador malvado logró entrar y trató de que Shaymin abriera un portal para regresar al mundo normal para que él pudiera atrapar a Giratina y sacrificarlo de modo que se apoderara del mundo inverso.

Ash y sus amigos se dirigen hasta la base para detenerlo todo y cuando esta por el 99% lo logran detener pero es demasiado tarde y Giratina no se logra salvar. Cuando Giratina cae al suelo todos los Pokémon se reúnen para estar con el y Shaymin usa un ataque que es para resucitar a los Pokémon así que logra salvarlo. Entonces el entrenador malvado se refugia en una nave (con aspecto parecido a Giratina) y abre un portal hacia el mundo inverso pero Ash rápidamente entra para detenerlo y sube a la nave y saca a Turtwig y a Chimchar para destruir la nave aunque desgraciadamente no lo consigue. Poco después ve que esta destruyendo una especie de bloques de hielo para que el Glaciar se destruya. En ese entonces en un templo pequeño que hay en la cima de una montaña aparece Regigigas, cuando este esta bajando la montaña lo siguen una manada de Mamoswine cuyo objetivo era detener el Glaciar para que el campo de flores de Shaymin no fuera destruido.

Cuando Giratina y Ash logran detener al entrenador, Giratina reconstruye las partes del mundo inverso que habían sido destruidas. Todos se ponen muy feliz pero mientras estan festejando la victoria Giratina escucha a lo lejos a Dialga y se marcha. Después de todo esto Shaymin les da las gracias a todos los que lo ayudaron y se marcha con sus amigos.