Destino Deoxys es la séptima película de Pokémon. Fué estrenada el 22 de Julio de 2004 en Japón. Este es el primer largometraje sin el ya tradicional corto animado sobre las aventuras de Pikachu. Tiene una duración apróximada de 100 minutos.

Argumento

Al inicio de la película vemos una batalla entre el Pokémon legendario Rayquaza y el Pokémon espacial Deoxys, Rayquaza utiliza el ataque Hiperrayo y fulmina a Deoxys. Tras esto todo parece en calma y Rayquaza regresa a la capa de ozono, sin saber que Deoxys tiene un gran poder de regeneración. Deoxys se regenera y lanza al aire una especie de roca brillante y verde.

Cuatro años después de este suceso, la historia se desarrolla en Ciudad LaRousse, traducida como la ciudad de las tecnologías, dónde nuestros amigos Ash, Aura, Max y Brock deciden ir hacia la Torre Batalla de esa ciudad. Cuando nuestros amigos se dirigen hacia la Torre Batalla, las cintas transportadoras de la ciudad atrapan a Ash, pero el Blaziken de Rafe le rescata. Ash decide seguirlo hasta la Torre batalla, dónde conoce a Tory, un chico que presenció la brutal batalla entre Deoxys y Rayquaza. Tory tiene un gran miedo a los Pokémon debido a que tuvo un incidente hace cuatro años con una manada de Spheal, Sealeo y Walrein. Por confusión, entra a luchar en la Torre Batalla junto con Ash en un combate doble, dónde combaten contra Rafe y su amigo Sid, que se enamora de Aura. Ash y Tory pierden desastrosamente con el Blaziken de Rafe y el Blastoise de Sid.

Tras el combate, nuestros heroes se encuentran en el jardín secreto de Tory, dónde una misteriosa aura (que más tarde se reconvertirá en Deoxys) es la amiga de Tory. Pero en ese instante, el ordenador de Rebecca detecta una extraña aura lila que se acerca a la ciudad, que resulta ser el Deoxys que combatió con Rayquaza. Deoxys usa su ataque doble equipo para llevarse a Pokémon y Humanos, pero los Pokémon de nuestros protagonistas intentan acabar con ellos aunque pero es imposible debido a la gran cantidad de “clones” que hay.

Mientras Deoxys se encuentra en la ciudad, se crea una especie de escudo alrededor de ésta, para evitar que entren peligros externos, como Rayquaza, que intenta acabar de una vez por todas con Deoxys, aunque acaba rompiendo la barrera; aparte, todos los guardias robots y todos los aparatos eléctronicos de la ciudad se vuelven locos.

Gracias a la ayuda de Pikachu, Plusle y Minun y los Pokémon y sus entrenadores consiguen generar la energía necesaria para revivir la roca brillante (un Deoxys) y verde que soltó Deoxys. Cuándo lo reviven, éste acude a ayudar a su amigo, ahora en combate con Rayquaza, con lo que logran tranquilizarle después de una dura batalla

Después de finalizar la batalla entre Rayquaza y los dos Deoxys, la ciudad sigue surmegida en el caos probocado por los robots que fallan. Solo pueden ser detinos si se usa la tarjeta magnética de Tory. Finalmente consiguen pararlos y todo el caos queda resuelto, Rayquaza se marcha, los dos Deoxys se van al espacio, y Tory se acaba haciendo muy amigo de los Pokémon.